《生化危机6》的故事发生在5代之后的2013年，距离浣熊市事件已经过去了十几年，现任美国总统亚当·本福德打算揭开当年幕后的真相，但就在演讲当日发生了大规模生化袭击，总统本人也不幸遇难。作为当年的幸存者之一，美国总统的私人好友里昂·S·肯尼迪不得不面对已经成为了丧尸的总统，并亲手射杀自己的好友。与此同时，生化恐怖安全主义评估联盟（BSAA）的成员克里斯·雷德菲尔德抵达了中国，那里同样遭受了生化恐怖袭击的威胁。全世界范围内不再有任何地方是安全的，一场全球危机让每个人都失去了生存的希望。