故事现代剧情承接《刺客信条：起源》，在寻找伊述文物的过程中，蕾拉·哈桑发现了由最早的希腊历史学家希罗多德所著的一本名为《失落的历史》的古书，其中提到了一位使用伊述的武器“列奥尼达斯之矛”的斯巴达雇佣兵。蕾拉找到了列奥尼达斯之矛，并在维多利亚·毕博博士的帮助下追寻这份不为人知的历史。 时间回溯到公元前432年，故事从凯法隆尼亚的小岛上展开，主角是岛上小有名气的驯鹰人雇佣兵，他的朋友马库斯为了兴办葡萄园从绰号“独眼人”的地头蛇借了一大笔钱，主角帮助马库斯还清债务，为此踏上了讨债的道路，也因此卷入了伯罗奔尼撒战争的纷争，探寻过往的身世谜团。